18 апреля 2008 г. вступили в действие изменения законодательства о некоммерческих организациях. В том числе, дополнения коснулись образовательных учреждений. В результате усложнилась государственная регистрация некоммерческих организаций, увеличилась продолжительность оформления документов. Кроме этого, усилились санкции за неисполнение предписаний законодательства. Рассмотрим далее новый порядок регистрации некоммерческих организаций. 
Нормативная база
Правила, в соответствии с которыми осуществляется регистрация некоммерческих организаций, установлены в отдельной статье 13.1 ФЗ № 7. Ранее для этих субъектов действовали общие условия. Сегодня на них распространяются специальные правила. Они аналогичны тем, по которым производится регистрация общественной некоммерческой организации.
Уполномоченные органы
Ранее документы направлялись в территориальное подразделение налоговой инспекции. В настоящее время заявку и необходимые бумаги подаются в отделение Федеральной регистрационной службы. При этом заинтересованным лицам нужно учитывать, что срок предоставления документов сегодня ограничен тремя месяцами. Исчисление этого периода осуществляется с даты принятия решения о формировании организации.
Специфика процедуры
Как выше было сказано, регистрация автономной некоммерческой организации в настоящее время усложнилась. Это обусловлено тем, что процедура выполняется двумя разными взаимодействующими друг с другом службами. В первую очередь документы направляются в Росрегистрацию. После принятия положительного решения, бумаги передаются в налоговую инспекцию. Последняя вносит соответствующие записи в Единый госреестр юрлиц. После внесения записи, налоговая инспекция уведомляет Росрегистрацию. Она, в свою очередь, выдает субъекту свидетельство. 
Сроки
Регистрация некоммерческих организаций ранее занимала 5 дней (рабочих). Их исчисление осуществлялось с даты направления пакета документов. В настоящее время этот период увеличен до 23 раб. дн.:
- Принятие решения регистрирующим органом – 14 дней.
- Внесение записи в ЕГРЮЛ – 5 дн.
- Уведомление регистрирующего органа – 1 день.
- Выдача свидетельства после получения извещения от ФГС - 3 дня.
Некоторые субъекты направляют документацию по почте. С учетом времени пересылки в целом процедура может занять около месяца. Регистрация изменений некоммерческой организации, производится по тем же правилам и в те же сроки, что указаны выше.
Важный момент
Действующее законодательство не предусматривает перерегистрации некоммерческих организаций. Это установлено в ст. 6 пункте 4 ФЗ № 18. Однако контроль деятельности НКО, поставленных на учет до вступления в силу изменений законодательства, регистрация изменений в учредительной документации, ликвидация/реорганизация осуществляются по новым правилам. 
Отказ уполномоченного органа
В ст. 23. 1 ФЗ № 7 установлены основания, в соответствии с которыми регистрирующая служба может оставить заявку некоммерческой организации без удовлетворения. К ним относят:
- Наличие несоответствий в учредительной документации действующему законодательству.
- Предоставление субъектом не полного пакета бумаг, неправильное их оформление, предоставление в орган, в чью компетенцию не входит постановка НКО на учет.
- Наличие в реестре организации с таким же названием.
- Отсутствие права у лица, выступившего в качестве учредителя, быть им в соответствии с ФЗ № 7.
- Наличие в наименовании слов, оскорбляющих религиозные, национальные чувства, противоречащих нравственным нормам.
Об отказе в регистрации уполномоченный орган обязан сообщить не позднее месяца с даты получения документов. При этом в решении должны указываться причины, по которым заявка не была удовлетворена.
Обязанности НКО
В трехдневный срок организация должна сообщить об изменениях, которые затрагивают основные сведения о ней. Вместе с уведомлением в уполномоченный орган предоставляются соответствующие документы. К сведениям, об изменениях в которых организация обязана сообщить регистрирующему органу, относят:
- Сокращенное и полное название.
- Организационно-правовой статус.
- Адрес постояннодействующего органа управления.
- Способ образования (реорганизация или образование).
- Данные об учредителях.
- Сведения о правопреемстве (в случае реорганизации).
- Дату регистрации корректировок/дополнений учредительных документов.
- Способ прекращения НКО своей деятельности (ликвидация, реорганизация, исключение из реестра).
- Ф. И. О., должность, ИНН или данные паспорта лица, обладающего правом представлять организацию без доверенности.
- Информацию о представительствах/филиалах.
- ИНН, дату, код причины постановки на учет в ФНС.
- Информацию о счетах в банке.
- КВЭД.
- Дату и номер регистрации в ПФР, ФСС, ТФОМС.
Корректировка сведений, не касающихся учредительной документации, осуществляется без уплаты пошлины.
Работа с документами
Направленные в уполномоченный орган бумаги НКО проходят те же этапы, что включает в себя первичная регистрация некоммерческих организаций. Это означает, что служба в те же сроки принимает соответствующее решение об удовлетворении заявки или отказе в этом. По отзывам ряда учредителей, уже прошедших процедуру по новому закону, регистрация устава некоммерческой организации производится в течение месяца с момента его предоставления. Этот момент негативно отражается на их деятельности, существенно затрудняя работу. Тем не менее не подавать документы и не уведомлять регистрирующий орган об изменениях не допускается. При несоблюдении требований закона к НКО могут быть применены достаточно жесткие санкции. 
Контроль деятельности
В закон внесены дополнения, касающиеся установления новых требований о предоставлении сведений и отчетности. Ранее некоммерческие организации направляли раз в год результаты целевого использования средств в налоговую службу. В настоящее время, кроме этой обязанности, до 15 апреля они должны представить отчеты о:
- Своей деятельности.
- Персональном составе органов управления.
- Расходовании средств и использовании другого имущества. НКО, в числе прочего, должны отчитаться по материальным ценностям, полученным от иностранных и международных компаний, физлиц и субъектов без гражданства.
Перечень документов
Учитывая то, что в настоящее время действует новая форма регистрации некоммерческой организации, необходимо привести список бумаг, которые НКО предоставляет в уполномоченную службу:
- Заявление. Оно подписывается субъектом, уполномоченным представлять НКО. В заявлении указывается его Ф. И. О., адрес проживания, контактные данные. Документ заверяется у нотариуса.
- Три экземпляра учредительных документов.
- Квитанция об уплате пошлины.
- Решение об образовании НКО и утверждении учредительной документации. В нем должен быть указан состав избранных или назначенных органов управления. Документ подается в двух экземплярах.
- Данные о местонахождении исполнительного постояннодействующего органа.
- Сведения об учредителях. Документ предоставляется в двух экземплярах.
Дополнительно
Регистрация некоммерческой организации не может проводиться в случае, если в качестве одного или нескольких учредителей выступают иностранные граждане либо субъекты, не имеющие гражданства, в отношении которых было принято решение о том, что их пребывание на территории РФ нежелательно. К этой категории также относят лиц и компании, деятельность которых связана с отмыванием денег или финансированием экстремизма. Действие ФЗ № 7 не распространяется на органы государственной, региональной, местной власти, муниципальные и госучреждения.
Полномочия регистрирующего органа
Федеральная служба обладает широкими возможностями. Они распространяются не только на сферу регистрации НКО, но и контроля их работы. В частности, регистрирующий орган может:
- Запрашивать распорядительную документацию.
- Направлять собственных представителей на мероприятия, организованные НКО.
- Запрашивать и получать сведения о финансовых и хозяйственных операциях объединений у органов госстатистики, налоговых инспекций и прочих контрольно-надзорных структур, кредитных и иных финансовых компаний.
- Выполнять проверки соответствия работы НКО не чаще раза в год. Регистрирующий орган в числе прочего может контролировать соответствие расходования средств и использования другого имущества целям, установленным в учредительной документации организации.
- При выявлении нарушений законодательных предписаний либо совершении НКО действий, противоречащих задачам, для реализации которых она была создана, выносить письменное предупреждение. В нем описывается факт несоблюдения требований и устанавливается срок для его устранения (не меньше месяца). Данное предупреждение НКО вправе обжаловать.
При систематическом осуществлении деятельности, не соответствующей целям образования некоммерческой организации, а также в ряде других случаев НКО может быть ликвидирована по судебному решению.